при установке и работе некоторых программ не появляются результирующие файлы. Какой-то kht в корне.

После прогона скрипта "Лечения/карантина..." косяки устраняются, но после перезагрузки все сначала.

Выполните скрипт в AVZ:
[CODE]begin
SetAVZPMStatus(true);
RebootWindows(true);
end.[/CODE]
После перезагрузки сделайте лог syscheck (п.2 раздела Диагностика).