Подозрение на руткит

На сервере 2003 стоит нод. После перезагрузки стала пропадать возможность управления над окнами управления компьютером, панели управления, кнопки пуск. После отключения сеанса пользователя и повторной загрузки все восстановилось, но на время.

У вам стоит RAdmin.
Я так понимаю, с его помощью вы и демали логи.
Если да - постарайтесь сделать их непосредственно с самой машины.

Теперь по поводу AVZ и тонкостей Windows2003
Из-за встроенного терминального доступа AVZ может путать пути к файлам.
В вашем случае [U]категорически запрещается автоматический фикс[/U] таких "проблем"
[QUOTE] Внимание ! Обнаружены ошибки в SPI/LSP. Количество ошибок - 20[/QUOTE]
это чревато потерей работоспособности сети.

Такие строки в логе:[QUOTE]
Маскировка процесса с PID=332, имя = ""
>> обнаружена подмена PID (текущий PID=0, реальный = 332)
Маскировка процесса с PID=1380, имя = ""
>> обнаружена подмена PID (текущий PID=0, реальный = 1380)
Маскировка процесса с PID=1640, имя = ""
>> обнаружена подмена PID (текущий PID=0, реальный = 1640)
[/QUOTE]являются результатом особенной работы с процессами в Вин2003
[QUOTE] >>>> Подозрение на маскировку файла процесса: C:\Documents and Settings\Администратор\WINDOWS\system32\smss.exe[/QUOTE]
Это тоже может являться результатом путаницы путей к файлам.

Непосредственно с машины сделать лог не получиться! Эти скрипты выполнялись, когда от системы были отключены все терминальные пользователи. Что нибудь еще по данной проблеме можете подсказать, или может это был просто глюк системы, т.к после общей перезагрузки, вроде больше такого не наблюдалось.

Да, это действительно похоже на глюк.
В логах (по крайней мере я) ничего плохого не увидел.